水媒法用于生产山茶油还是比较罕见的，大都只停留在研究阶段。主要步骤如下：一是晾晒油茶果，油茶果开裂剥皮取籽；二是烘干油茶籽，并做壳仁分离，尽量不保留种子壳；三是微粉碎油茶籽仁；四是将第三步中的仁粉置于容器中，使用配置好的酶解溶液，辅以超声波、微波等手段进行酶解；五是破乳；六是油水分离。

水媒法的优势是山茶油、茶皂素、蛋白质的分离比较好做，虽然初始酸价较高、茶多酚含量低，但是磷脂茶多酚含量低，稍作脱酸精炼就可上市，初始单不饱和脂肪酸提取效率高、过氧化值低，有较好的发展前景。

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